I Chirotteri fitofili o forestali utilizzano principalmente, quali rifugi estivi, cavità formatesi nello spessore di tronchi e grossi rami o al di sotto di cortecce staccate (si veda la Figura 2.4, nel Capitolo 2). Queste cavità si originano per cavitazione naturale, vengono scavate dai picchi o vengono prodotte dai fulmini. Fenomeni successivi di marcescenza determinano la formazione, nella parte superiore, di una cupola in cui si verifica ristagno daria calda; si vengono così a creare condizioni particolarmente idonee per i pipistrelli (Fornasari et al., 1997).
La presenza di cavità naturali è quindi un prerequisito indispensabile per permettere la presenza delle specie con preferenze per gli habitat forestali. I rifugi più utilizzati sono riconducibili a diverse tipologie già descritte in precedenza.
La protezione dei rifugi dei Chirotteri forestali è un obiettivo che si può raggiungere esclusivamente attraverso unadeguata gestione forestale, che preveda di mantenere in piedi un certo numero di piante morte, danneggiate o occupate dai nidi di Picchio, offrendo ai Chirotteri la disponibilità di un numero di cavità sufficiente per garantire un naturale turn-over. A tale riguardo, Stutz & Haffner (1993) suggeriscono come soglia minima ottimale la presenza di 40 alberi con nidi di Picchio ogni 10 ettari. La presenza di rifugi per specie forestali è favorita allinterno di boschi maturi, in cui è elevato il numero di cavità naturali, per cui estese azioni di taglio risultano sempre in un certo modo negative per i Chirotteri fitofili.
Poiché dal punto di vista trofico questi Pipistrelli si comportano per la maggior parte da specie ecotonali, utilizzando per le attività alimentari soprattutto il margine del bosco, possono essere favoriti dalla creazione di radure allinterno della vegetazione o di piccoli ambienti alberati fuori dal bosco stesso. Pertanto nell'ambito di tagli selettivi, si suggerisce di prestare attenzione alla eventuale presenza di cavità e di evitare il taglio, ove non vi siano problemi di sicurezza pubblica, di alberi vetusti o di alberi (anche morti) con nidi di Picchio, fessurazioni, lembi di corteccia sollevati. Poiché i Chirotteri utilizzano anche cavità in alberi caduti a terra e poiché questi aumentano generalmente la presenza di prede naturali si suggerisce il mantenimento in loco di alberi caduti. Un rifugio artificiale efficace per alcune specie fitofile può essere costituito dalla preparazione di cataste di legna, evidentemente ricche di fessure, ove tale operazione non crei problemi di sicurezza pubblica.