Nei precedenti capitoli sono state identificate le aree di maggiore importanza per la Chirotterofauna lombarda, aree in cui una maggiore attenzione dovrebbe essere rivolta oltre che alla conservazione anche alla raccolta di nuovi dati di distribuzione. L'utilizzo di tecniche miste di rilevamento, sebbene non consenta una efficace standardizzazione nella raccolta dei dati, consente di raccogliere un numero maggiore di informazione su specie aventi caratteristiche ecologiche differenti. Attualmente in Italia non esistono programmi di monitoraggio dei Chirotteri attuati su vasta scala, sebbene varie normative sottolineino l'esigenza che venga monitorato lo status delle specie in precarie condizioni di conservazione, fra le quali sono sicuramente incluse i Chirotteri. A tale proposito le Convenzioni di Berna e di Rio de Janeiro delegano le Parti contraenti ad adottare le misure necessarie a tale fine nell'ambito delle proprie politiche di pianificazione, di sviluppo e nei provvedimenti specifici in materia di conservazione. In particolare, fra le Raccomandazioni approvate dal Comitato permanente della Convenzione di Berna, vanno evidenziate quelle che caldeggiano, da un lato, l'adozione/implementazione di Action Plan nazionali per portare varie specie di Chirotteri a uno status di conservazione più soddisfacente, dall'altro la verifica, attraverso specifici interventi di monitoraggio, dello status delle rimanenti specie di Chirotteri (Raccomandazione n. 43, 1995). Lo stesso organo ha raccomandato alle Parti contraenti il censimento dei siti ipogei di particolare importanza per i Chirotteri e la loro caratterizzazione sulla base della ricchezza e diversità della chirotterofauna presenti, nonché del loro ruolo biologico (ibernazione, riproduzione) ed ecologico, nell'ambito dei movimenti migratori (Raccomandazione n. 36, 1992). La Convenzione di Bonn pone l'accento sulla necessità di una collaborazione transfrontaliera per la conservazione delle specie migratrici (art. II, comma 3); individua, fra i contenuti degli Accordi che le Parti contraenti sono invitate a stipulare, esami periodici dello status di conservazione delle specie e, più in generale, attività di ricerca sulla loro ecologia (art. V, in particolare: comma 4 lettera b e comma 5 lettere a, b, c, d, l).. L'Accordo sulla conservazione delle popolazioni dei Chirotteri europei impegna le Parti a identificare i siti importanti per la conservazione dei Chirotteri europei e, più in generale, a promuovere e, per quanto possibile, coordinare, programmi di ricerca finalizzati alla loro conservazione e gestione. Tali attività sono oggetto di un Action plan periodicamente aggiornato dall'Assemblea delle Parti aderenti all'Accordo.
Il progetto cha allo stato attuale si avvicina di più ad un programma di monitoraggio su larga scala è quello relativo alla Banca Dati dei Roost Italiani (www.pipistrelli.org) che dal 1999 raccoglie dati sui rifugi dei Chirotteri rilevati, per motivi differenti, sul territorio nazionale. Tale progetto, condotto dal GIRC (Gruppo Italiano Ricerca Chirotteri), raccoglie dati su numerosi rifugi, ma non implica necessariamente il controllo numerico delle colonie ad intervalli di tempo prefissati. Su scala locale (generalmente coincidente con parchi e riserve) diversi progetti di monitoraggio sono stati condotti, anche in Lombardia, nell'ambito di progetti Life-Natura (www.europa.eu.int/comm/environment/life/) o nell'ambito di ricerche sviluppatesi in seguito al ritrovamento di rifugi di particolare interesse. Lo scopo dei programmi di monitoraggio è quello di identificare i cambiamenti nella dimensione delle popolazioni e di valutarne le entità. Nel caso dei Chirotteri, il cui rilevamento è il più delle volte difficile, i programmi di monitoraggio si riconducono frequentemente al monitoraggio delle colonie sia riproduttive che di svernamento. Il grosso problema correlato a questo tipo di indagine risiede tuttavia nella difficoltà di identificare sufficienti colonie che consentano una valutazione significativa degli andamenti. Questo vale in particolar modo per quelle specie che formano colonie poco cospicue in rifugi difficilmente identificabili (ad esempio le specie fitofile le cui colonie riproduttive nei tronchi cavi sono formate da non più di qualche decina di femmine). L'identificazione di nuovi rifugi è probabilmente una delle priorità nell'attuazione di programmi di monitoraggio. Attualmente in altri paesi europei le strategie di monitoraggio prevedono l'impiego di numerosi volontari che concentrano la loro attenzione su alcune delle specie presenti nel loro paese effettuando conteggi nelle nursery e negli hibernacula ed eseguendo censimenti estivi con lausilio di bat-detector. L'utilizzo di protocolli standardizzati per ciascuna specie è probabilmente un'altra delle priorità da considerare nella raccolta dei dati di monitoraggio. La realizzazione di un progetto di monitoraggio basato su almeno due dei tre differenti indici (variazione del numero di individui nelle colonie riproduttive o di svernamento e variazione nella distribuzione sul territorio) dovrebbe consentire una stima relativamente accurata dei cambiamenti. La realtà lombarda non permette attualmente l'esecuzione di progetti di monitoraggio a scala regionale, è infatti ancora lacunosa la conoscenza di base sulla distribuzione di un gran numero di specie. Tuttavia il trattamento coordinato di differenti progetti localizzati in aree chiave potrebbe portare ad un significativo miglioramento delle conoscenze di base.